Obowiązek wystawiania faktur wewnętrznych ciąży na podatniku również w przypadku nabycia towarów, dla którego podatnikiem jest ich nabywca. Według nowej ustawy podatnikami VAT są również osoby prawne, jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne nabywające towary, jeżeli dokonującym ich dostawy na terytorium kraju jest podatnik nieposiadający siedziby, stałego miejsca prowadzenia działalności lub stałego miejsca zamieszkania na terytorium Polski. Polska firma X nabyła na terytorium Polski towar od niemieckiej firmy Y. Sprzedawca nie posiada na terenie Polski ani siedziby, ani stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej. Polska firma X jest w tym przypadku podatnikiem VAT w związku z dokonaną dostawą towaru. Powinna wystawić fakturę wewnętrzną. Polska firma X ma obowiązek rozliczenia transakcji w deklaracji VAT. Po stronie sprzedaży powinna wykazać obrót i kwotę VAT należnego. VAT należny będzie ulegał przekształceniu w VAT naliczony. Odliczenia będzie można przy tym dokonać w rozliczeniu za miesiąc powstania obowiązku podatkowego lub za miesiąc następny. Powyższa zasada nie dotyczy przypadku, gdy podatek został rozliczony przez dokonującego dostawę towarów na terytorium Polski. Jeżeli firma Y zarejestruje się w Polsce jako podatnik VAT i rozliczy VAT od konkretnej przez siebie sprzedaży na rzecz firmy X, wówczas firma X jest zwolniona z obowiązku rozliczenia VAT należnego z tytułu tej transakcji. W takim wypadku firma X nie będzie również wystawiała faktury wewnętrznej.